Die Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität wurde am 18. Oktober 1818 von König Friedrich Wilhelm III. gegründet, der die Rheinlande ab 1815 als einen Teil Preußens regierte. Vorläuferin der heutigen Bonner Universität war die 1777 von den letzten hier regierenden Kölner Kurfürsten errichtete Akademie, die im Jahre 1786 zur Universität erhoben wurde. Schon ein Jahrzehnt später fiel sie jedoch den Folgen der politischen Umwälzungen zum Opfer, die die französische Revolution ausgelöst hatte.

Die neu gegründete Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität erstand im Geist der von Wilhelm von Humboldt geprägten preußischen Kulturpolitik. Idealismus und Aufklärung bestimmten jene Epoche, die auch die Universitäten in Berlin (1809) und Breslau (1811) hervorbrachte. Die alma mater am Rhein konnte sich auf Grund dieses offenen Zeitgeistes schnell entfalten, ihr Ruf zog so bedeutende Männer an wie August Wilhelm Schlegel, Ernst Moritz Arndt, Barthold Georg Niebuhr, Friedrich August Kekulé, Johannes Müller, Friedrich Argelander und Heinrich Hertz. Von Anfang an gab es in Bonn neben der Juristischen, Medizinischen und Philosophischen Fakultät zwei Theologische Fakultäten. Aus der Philosophischen Fakultät wurde 1928 die Staatswissenschaftliche Abteilung in die Juristische Fakultät eingegliedert, 1936 spaltete sich die Mathematisch-Naturwissenschaftliche Abteilung als eigene Fakultät ab.

Die ehemalige Landwirtschaftliche Hochschule in Bonn-Poppelsdorf, die 1847 als Landwirtschaftliche Lehranstalt gegründet worden war, wurde 1934 der Universität angegliedert und bildet heute deren Landwirtschaftliche Fakultät. 1980 wurde die Abteilung Bonn der Pädagogischen Hochschule Rheinland als Pädagogische Fakultät eingegliedert, doch wurden die Studiengänge dieser Fakultät inzwischen durch Rechtsverordnung eingestellt.

Die Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn gehört mit etwa 30.000 Studierenden zu den großen Universitäten Deutschlands. Rund 3.700 ausländische Studierende aus über 130 Ländern der Erde und eine große Zahl ausländischer Gastdozenten, darunter jährlich über 100 Humboldt-Stipendiaten, geben dem Lehr- und Forschungsbetrieb ein internationales Gepräge.

Das wissenschaftliche Ansehen der Bonner Universität wird bestimmt von den Leistungen ihrer rund 500 Professoren, 3.800 wissenschaftlichen und 1.900 nichtwissenschaftlichen Mitarbeiter.

Die Institute, Seminare und Kliniken der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität sind nicht in einem Campus angelegt, sondern befinden sich in verschiedenen Teilen der Stadt. Während das Hauptgebäude, in dem die beiden Theologischen und die Philosophische Fakultät sowie die Verwaltung untergebracht sind, sich ebenso wie das Juridicum und die Universitätsbibliothek im Zentrum der Stadt befindet, liegen die meisten Institute der Naturwissenschaftlichen und der Landwirtschaftlichen Fakultät in den Stadtteilen Endenich und Poppelsdorf. Die Kliniken der Medizinischen Fakultät sind zum größten Teil in einem Komplex auf dem Venusberg untergebracht.